Інституту до 1990 р. мав назву "Український філіал Центрального науково-дослідного інституту комплексного використання водних ресурсів". Інститут був створений для наукового забезпечення раціонального використання, охорони і відтворення водних ресурсів України та обгрунтування напрямів розвитку водного господарства.
Колективом інституту за цей період були розроблені науково-організаційні заходи вирішення водогосподарсько-екологічних проблем в Україні, розвитку водного господарства. Проведено сотні наукових досліджень з метою встановлення оптимізаційних моделей і технологій раціонального використання поверхневих та підземних вод, створення систем штучного поповнення підземних вод і підземних водосховищ, ведення водогосподарсько-екологічного моніторингу. Вироблено наукові основи формування доступних для використання водних ресурсів та водогосподарських балансів, диференційовані тарифні ставки плати за споживання води з урахуванням її якості та водозабезпеченості території, розроблено інженерні та біотехнічні методи, типові схеми і конструкції упорядкування водоохоронних зон та прибережних смуг річок і водосховищ, проведено оцінку гідрохімічних, радіохімічних, гідробіологіч-них і санітарно-гігієнічних аспектів сучасного використання водних ресурсів тощо.
Значну роботу співробітниками інституту проведено після катастрофи на Чорнобильській АЕС по встановленню розмірів радіоактивного забруднення території України, змиву його у водні об'єкти, а також прогнозування і запобігання надходженню у питні водозабори. В цей час було розроблено моделі і технології локалізації забруднення в районі аварії, схеми резервного водопостачання для жителів басейну Дніпра (70 % населення країни) та ін.
Усі, без винятку, науково-дослідні роботи інституту завершуються розробкою моделей, методик, нормативно-правових документів, які необхідним тиражем видаються і передаються урядовим структурам, виробничим організаціям для використання та впровадження, а навчальним закладам - з метою освоєння студентами новітніх моделей і технологій. Для розробки береться найактуальніша проблематика.
Основні напрямки діяльності інституту:
- розробка наукових засад розвитку i ведення водного господарства України, управлiння водними ресурсами i їх використанням;
- розробка наукового обгрунтування регулювання, територiального i мiжбасейнового рiчкового стоку;
- розробка критерiїв та моделювання допустимих антропогенних навантажень на екосистеми водних об'єктiв та їх басейни, в т.ч.малих рiчок для нормування iнтенсивностi та структури водокористування;
- розробка напрямiв рацiонального використання пiдземних вод, створення систем штучного поповнення пiдземних вод i пiдземних водосховищ в Українi;
- ведення водогосподарсько-екологiчного монiторингу в Українi;
- оцiнка та прогноз територiально-часового розподiлу i використання водних ресурсiв;
- розробка наукових основ формування доступних до використання водних ресурсiв та водогосподарських балансiв;
- розробка та оптимізація водогосподарських балансів та їх елементів в басейнах річок України;
- оцiнка гiдрохiмiчних, радiохiмiчних, гiдробiологiчних i санiтарно-гiгiєнiчних аспектiв сучасного використання водних ресурсiв;
- розробка методичного та інформаційного забезпечення покращення сільгоспводопостачання в Україні;
- розробка диференцiйованих тарифних ставок плати за споживання води iз врахуванням її якостi та водозабезпеченностi територiї;
- розвиток концептуальних основ водогосподарсько-екологiчного нормування та розподiлу водних ресурсiв в Україні;
- розробка правових основ рацiонального використання i охорони вод, нормативних документiв, стандартiв, норм, правил, методик.
Тільки за останні роки в інституті підготовлено методики розрахунку антропогенного навантаження і класифікації екологічного стану басейнів річок України, контролю якості водних ресурсів, оцінки економічної ефективності комплексного використання водних ресурсів у сучасних умовах, визначення екологічно допустимих рівнів відбору води з річок України з метою забезпечення сталого функціонування їх екосистем, упорядкування водоохоронних зон річок країни з еколого-економічною оцінкою пропонованих комплексних заходів, обгрунтування оптимальної структури водоохоронних заходів у басейнах малих річок України, методика економічної оцінки якості поверхневих вод та багато інших.
Усі роботи пройшли належну реєстрацію, затверджені в урядових установах, впроваджені у виробничу практику.
Співробітники інституту брали участь в розробці проектів ряду Законів України і відповідних підзаконних актів до них, програми Законодавчо-правового та науково-технічного забезпечення реалізації Національної програми екологічного оздоровлення басейну Дніпра та поліпшення якості питної води, нових Правил експлуатації водосховищ Дніпровського каскаду.
Інститут бере участь у міжнародних програмах, зокрема в українсько-канадській програмі екологічного оздоровлення басейну Дніпра та поліпшення якості питної води, ТАСІС, веде проекти з Австрією, Німеччиною, Угорщиною, Польщею, Республікою Білорусь, Російською Федерацією, Королівством Нідерланди.
Колектив інституту та його керівництво постійно вишукують нові форми роботи фінансування наукових розробок у галузі водного господарства та водогосподарської екології для упередження водогосподарсько-екологічної кризи в Україні.
Науковий потенціал інституту дозволяє вирішувати водогосподарські проблеми в частині науково-методичного і технологічного забезпечення, і це постійно підтверджується конкретними справами.
Робота колективу спрямована на досягнення однієї мети: дати своїм співвітчизникам добру питну воду, бо тільки той народ має майбутнє, в якого є чиста вода.