Національний фармацевтичний університет веде свій літопис з 1805 р., від хіміко-фармацевтичної лабораторії Харківського університету, далі Харківського фармацевтичного інституту (1921 р.), Української фармацевтичної академії (1992 р.), Національної фармацевтичної академії України (1999 р.). 18 вересня 2002 р. Указом Президента України академії було надано статус Національного фармацевтичного університету.
Надання університету статусу національного закладу України - це визнання як минулих досягнень, так і сьогоднішньої його ролі у підготовці фахівців для фармацевтичної, медичної, хіміко-технологічної, біотехнологічної галузей та у підготовці спеціалістів з управління якістю, економістів та менеджерів для інших галузей господарства України.
У складі університету - 5 факультетів, хіміко-фармацевтичний технікум, інститут підвищення кваліфікації спеціалістів фармації, наукова-методична (науково-дослідна) лабораторія з питань фармацевтичної освіти, державна науково-дослідна лабораторія з контролю якості лікарських засобів, центральна науково-дослідна лабораторія, клініко-діагностичний центр, видавничий та комп'ютерний центри.
В університеті ліцензовано 6 напрямів та 14 спеціальностей, за якими ведеться підготовка 10000 майбутніх фахівців, у томі числі: фармація, медицина, хімічна технологія та інженерія, економіка та підприємництво, менеджмент, специфічні категорії підготовки, окремі з них не мають аналогів в країнах СНД та Єаропи.
В університеті отримали вищу освіту понад 20 тис.фахівців.
Протягом 37 років університет готує спеціалістів для зарубіжних країн. Більш ніж 3тис. фахівців підготовлено для 73 країн світу.
Навчальний процес забезпечують 467 викладачів, у томі числі 62 доктори наук, професори та 273 кандидати наук, доценти. Серед викладачів: чл-кор НАН України, 8 заслужених діячів науки і техніки України, 2 лауреати Державної премії України в галузі науки і техніки, 2 заслужених винахідники України.
Крім того, в університеті працюють 15 дійсних членів та член-кореспондентів галузевих академій. Діяльність 3 співробітників відзначено державними нагородами.
Університет розміщується в 8 навчально-лабораторних корпусах площею 52000 кв.м, має 5 гуртожитків, загальною площєю 29367 кв.м, працює фізкультурно-оздоровчий комплекс площєю 2894,9 кв.м. Навчальна площа на одного студента денної форми навчання (з розрахунку середньорічної чисельності) складає 15 кв.м.
Сьогодні Національний фармацевтичний університет найбільший державний вуз України, який є джерелом забезпечення інтелектуальної частини кадрового складу фармацевтиичної галузі та галузей, які її супроводять. За роки незалежності університет став визнаним провідним багатопрофільним навчально-методичним та науковим центром України. За рейтингом вищих закладів освіти Міністерства охорони здоров'я України університет визнано одним з найкращих.
Ученими університету за роки діяльності видано понад 15 монографій, 71 підручник, 405 навчальних посібників, підготовлено 8 версій електронних підручників для впровадження дистанційної освіти, отримано понад 700 авторських свідоцтв та 143 патенти на винаходи, захищено 81 докторську та 480 кандидатських дисертацій, розроблено та впроваджено у виробництво 127 лікарських засобів.
Університет має представництва в 10 регіонах України та за кордоном, був ініціатором створення фармацевтичних факультетів при Буковинському, Вінницькому, Дніпропитровському, Донецькому, Кримському, Луганському, Одеському, Національному медичному університетах та Івано-Франковській і Тернопільській медичних академіях.
При університеті функціонують науково-методична комісія з фармацевтичної освіти Міністерства освіти та науки України та проблемна комісія "Фармація" Міністерства охорони здоров'я України, видається 4 наукові журнали (фахові видання ВАК України), існують клінічна база Державного фармакологічного центру Міністерства охорони здоров'я України, магістратура, аспірантура, докторантура, Спеціалізована вчена рада по захисту кандидатських та докторських дисертацій.