ЧорноморНДІпроект - єдиний в Україні інститут який виконує:
- дослідження в галузі економіки морського транспорту (транспортно - економічне районування вантажопотоків, економічне обгрунтування спеціалізації портів, міжнародних транспортних коридорів тощо);
- науково- дослідні роботи в галузі морської гідротехніки;
- інженерні вишукування (геологія, гідрологія, геодезія);
- проектування морських портів, судноремонтних підприємств, інших об'єктів інфраструктури морського та річкового транспорту, авторський нагляд за їх будівництвом;
- екологічні дослідження (складу та властивостей атмосферного повітря, акваторій та грунту днопоглиблення, проведення моніторингу оточуючого природного середовища, науково - екологічне супроводження проектів будівництва з дослідженням впливу на навколишнє середовище);
- обстеження, оцінку технічного стану та паспортизацію виробничих будівель і споруд;
- експертну оцінку майна, майнових прав та бізнесу на території України.
За проектами інституту побудовані найбільш великі порти Чорного моря Іллічівськ та Южний, Іллічівський судноремонтний завод, портові споруди у Гвінеї, на Кубі, у Сірії, Йємені; розширені порти Одеса, Маріуполь, Миколаїв, Херсон, Ізмаїл, Рені, Ялта та інш.
Інститут постійно співпрацює з відомими фірмами США, Німеччини, Норвегії, Швейцарії, Англії, Франції та інших країн.